Setio se i Šalke: Mladen Krstajić slavi rođendan

Sa deset godina počeo je da igra za lokalni klub Čelik, ali je zbog rata 1992. sa porodicom doselio u Kikindu gde je i nastavio da igra fudbal.

Iako su interesovanje za njega pokazali i Crvena zvezda i Partizan, Krstajić se opredelio za crno-bele, klub za koji je navijao još kao dečak.

Za samo četiri godine u Partizanu (1996-2000) osvojio je tri titule prvaka države (1996, 1997. i 1999.) i jedan Kup Jugoslavije (1998.).

Iz Partizana je prešao u Verder iz Bremena i nije bilo potrebno da prođe mnogo vremena da ga proglase jednim od najpouzdanijih igrača odbrane u Bundesligi. Sa Verderom je osvojio duplu krunu 2004. a nakon toga je obukao dres Šalkea.

U junu 2009. vratio se u Partizan. U prvoj sezoni je osvojio titulu šampiona (2009) a u drugoj duplu krunu (2010.).

Nakon okončanja igračke karijere, kratko je bio sportski direktor FK Partizan.

Reprezentativni dres je nosio 59 puta i postigao je dva gola. Debitovao je 5. septembra 1999. u Kvalifikacijama za Evropsko prvenstvo 2000. protiv BJR Makedonije u Beogradu (3:1).